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技術(shù)文章

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EasyScreen工作流程

更新時(shí)間:2018-06-28點(diǎn)擊次數(shù):2118

Genetic Signatures成立于2001年,由Geoffrey Grigg博士(原澳大利亞聯(lián)邦科學(xué)與工業(yè)研究組織(CSIRO)分子生物學(xué)部主任)創(chuàng)立。甲基化分析中使用廣泛的方法是亞硫酸氫鹽法,由Grigg博士在英國(guó)劍橋設(shè)想,并被減少到CSIRO實(shí)驗(yàn)室的實(shí)踐中[1]。初的方法隨后得到改進(jìn),這些改進(jìn)導(dǎo)致了遺傳簽名MethylEasy™DNA亞硫酸氫鈉修飾產(chǎn)品系列的開(kāi)發(fā)和發(fā)布。

由于改進(jìn)的轉(zhuǎn)化方法和用于胞嘧啶甲基化檢測(cè)的應(yīng)用,發(fā)現(xiàn)了一個(gè)有趣的發(fā)現(xiàn):通過(guò)亞硫酸氫鈉處理微生物DNA能夠?qū)⑺姆N核酸堿基還原成僅三個(gè)堿基,通過(guò)將胞嘧啶轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶。該技術(shù)被稱(chēng)為3base ™,是我們的EasyScreen ™病原體檢測(cè)試劑盒的基石。

此后,遺傳標(biāo)志開(kāi)發(fā)并商業(yè)化了一套基于EasyScreen ™實(shí)時(shí)PCR的產(chǎn)品,用于常規(guī)檢測(cè)傳染病。EasyScreen ™產(chǎn)品為醫(yī)院和病理實(shí)驗(yàn)室提供了分子工具,可在快速高通量的環(huán)境中篩查各種傳染性病原體。

樣品制備工作流程:

所述  EasyScreen ™樣品處理試劑盒提供直接從主檢體的核酸流線型制備。

該試劑盒可分離 DNA和RNA,并與所有EasyScreen ™病原體檢測(cè)試劑盒兼容  

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自動(dòng)化NA提取平臺(tái)兼容性
遺傳簽名GS1
生物梅里埃NucliSENS easyMAG
Qiagen QIAsymphony,EZ1
羅氏MagNA Pure 96
Thermo KingFisher Flex

一旦使用EasyScreen™樣品處理試劑盒 準(zhǔn)備好  樣品后,可按照 下面的實(shí)時(shí)PCR工作流程設(shè)置任何(或全部)適用的EasyScreen™  病原體檢測(cè)分析。

例如,通過(guò)將拭子浸入樣品并接種EasyScreen TM試劑并如上所述進(jìn)行操作來(lái)制備糞便樣品。通過(guò)自動(dòng)核酸提取的提取過(guò)程產(chǎn)生足夠的洗脫液以執(zhí)行所有的細(xì)菌,病毒和原生動(dòng)物PCR。

實(shí)時(shí)PCR工作流程:

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實(shí)時(shí)PCR平臺(tái)兼容性
Bio-rad CFX(96和384孔格式)
羅氏LC480(96和384孔格式)
Qiagen RotorGene
Applied Biosystems 7900HT /?? 7500
Applied Biosystems QuantStudio™5
Stratagene / Agilent Mx

 

產(chǎn)品EasyScreen™套件檢測(cè)到微生物
EB001和EB001-HT腸道細(xì)菌檢測(cè)(i)沙門(mén)氏菌屬 
(ii)彎曲桿菌屬Campylobacter spp。)
(iii)志賀菌屬。/腸侵襲性大腸桿菌(EIEC)
(iv)小腸結(jié)腸炎耶爾森菌。
(v)產(chǎn)毒的艱難梭菌
(vi)單核細(xì)胞增生李斯特菌
EP001和EP001-HT腸道原生動(dòng)物檢測(cè)(i)隱孢子蟲(chóng)屬Cryptosporidium spp。)
(ii)腸道賈第蟲(chóng) 
(iii)脆弱東部阿米巴
(iv)溶組織內(nèi)阿米巴
(v)人芽囊原蟲(chóng)Blastocystis hominis)
EV002和EV002-HT腸道病毒檢測(cè)(i)諾如病毒GI 
(ii)諾如病毒GII 
(iii)星狀病毒
(iv)輪狀病毒A 
(v )沙波病毒
(vi)腸病毒
(vii)博卡
病毒(viii)腺病毒和
(ix)腺病毒(僅40 + 41)
CDD001艱難梭菌檢測(cè)毒素艱難梭菌(目標(biāo)都TCDA毒素tcdB
CDD002艱難梭菌反射超致病性艱難梭菌包括 (i)位置117處的tcdC基因缺失,(ii)二元毒素基因(cdtA)和(iii)gyrA基因突變(氟喹諾酮耐藥性)的核糖體027和078 ,

 

英文信息如下:

ProductEasyScreen™ KitMicroorganisms Detected
EB001 & EB001-HTEnteric Bacteria Detection(i) Salmonella spp. 
(ii) Campylobacter spp. 
(iii) Shigella spp. /Enteroinvasive E.coli (EIEC)
(iv) Yersinia enterocolitica. 
(v) toxigenic C. difficile and 
(vi) Listeria monocytogenes
EP001 & EP001-HTEnteric Protozoan Detection(i) Cryptosporidium spp. 
(ii) Giardia intestinalis 
(iii) Dientamoeba fragilis 
(iv) Entamoeba histolytica and 
(v) Blastocystis hominis
EV002 & EV002-HTEnteric Viral Detection(i) Norovirus GI
(ii) Norovirus GII 
(iii) Astrovirus 
(iv) Rotavirus A 
(v) Sapovirus
(vi) Enterovirus
(vii) Bocavirus
(viii) Adenovirus and 
(ix) Adenovirus (40 + 41 only)
CDD001C. difficile DetectionToxigenic C. difficile (targets both tcdA and tcdB)
CDD002C. difficile ReflexHypervirulent C. difficile incl. ribotype 027 & 078 targeting: (i) tcdC gene deletion at position 117, (ii) binary toxin gene (cdtA) and (iii) gyrA gene mutation (fluoroquinolone resistance)

 

 

對(duì)于HT(384孔格式)試劑盒,所有試劑盒都足夠用于100RXNs或500RXNs

所有  EasyScreen™  病原體檢測(cè)試劑盒都可用于使用EasyScreen™  樣品處理試劑盒準(zhǔn)備的  樣品。

有關(guān)EasyScreen™  工作流程以及與核酸提取和實(shí)時(shí)PCR平臺(tái)的兼容性的更多信息,  請(qǐng)?jiān)L問(wèn)我們的  EasyScreen™  工作流程頁(yè)面。

 

 

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